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El CDB cuenta con protocolos para ayudar a llevar a cabo su implementación.  Un acuerdo importante dentro del CBD corresponde al Protocolo de Nagoya.  El Protocolo de Nagoya es un acuerdo suplementario dirigido a que los países firmantes modifiquen la ley doméstica para facilitar el acceso a los recursos genéticos y distribución de los beneficios derivados de estos.  Es decir, proporcionar un sistema de vigilancia que permita coadyuvar el cumplimiento del protocolo, sancionar el incumplimiento y desalentar el acceso ilegal.  México ratificó el acuerdo en octubre del 2014; sin embargo, la legislación doméstica aún resulta insuficiente para llevar a cabo el cumplimiento de los tratados antes mencionados.
«El marco legal vigente relacionada con la protección de los recursos genéticos se encuentra comprendido en diferentes leyes; algunas de las cuales son:

• Ley general del equilibrio ecológico y la protección al ambiente
• Ley general de desarrollo forestal sustentable
• Ley general de vida silvestre
• Ley general de pesca y acuacultura
El marco legal vigente reconoce el valor de los recursos genéticos y marca las disposiciones por las que estos se protegen en México.  Adicionalmente, las disposiciones legales vigentes ligan el acceso de los recursos genéticos con las comunidades indígenas de donde son obtenidos, enfatizando la necesidad de distribuir los beneficios obtenidos de estos con las comunidades; sin embargo, los apartados en las leyes actuales aun comprenden varias deficiencias.
La falta de claridad en el procedimiento para distribuir los beneficios a las comunidades indígenas, en la verificación del acceso a recursos genéticos, en la selección de autoridades competentes para la gestión de la verificación y en la vinculación entre autoridades de diferentes ámbitos, denotan que México aún no cuenta con una legislación que permita cumplir los objetivos dispuestos en el CDB.
Un ejemplo de lo anterior se encuentra en la Ley General de Desarrollo Forestal Sustentable. El artículo 102 de esta Ley dispone que una patente será nula cuando no se reconozca a la comunidad indígena de donde el recurso genético fue obtenido. El artículo anterior no especifica el procedimiento por el cual se debe realizar el reconocimiento; más aún, la ley de Propiedad Industrial no contempla el proceso por el cual se lleva a cabo el reconocimiento, ¿Es necesario incluirlo en algún apartado de la descripción, al momento de presentar la solicitud?, ¿Cuál es el procedimiento para reconocer a la comunidad indígena?. El artículo anterior es un ejemplo de las ambigüedades presentes en la aplicacion del CDB en la legislacion mexicana.»

Por el momento, la legislación que posee México respecto a los recursos genéticos podría considerarse insuficiente para cumplir con los objetivos marcados en el CBD.  México reconoce la importancia de contar con un marco legal que cumpla con los objetivos del CBD; sin embargo, para lograrlo, es necesario reforzar el existente, de manera que el proceso sea expedito (yo le quitaría este calificativo), claro y sin lugar a ambigüedades.